Situs Plered menyimpan tinggalan arkeologi dari masa Hindu Budha.
Sebaran tinggalan arkeologi di situs Plered menunjukkan pentingnya kawasan di masa kerajaan Mataram Islam. Tinggalan arkeologi antara lain Masjid Agung Plered, umpak dan lantai di Sitinggil Kerto, makam Ratu (P)labuhan, struktur pondasi bata di Simanganti Kedaton Plered, makam Ratu Malang di gunung Kelir, Kedaton Plered terdapat struktur pondasi saluran air, struktur pondasi tembok keliling di sisi barat, struktur pondasi tembok keliling di sisi selatan, sumber bahan batu putih di gunung Permoni.
Peninggalan dari masa Hindu Budha masih dimanfaatkan hingga masa Mataram Islam. Umpak batu dengan hiasan masih ada di reruntuhan keraton Kerto dan batu andesit masih digunakan sebagai pondasi.
